结构域（StructuralDomain）是介于二级和三级结构之间的另一种结构层所谓结构域是指蛋白质亚基结构中明显分开的紧密球状结构区域，又称为辖组成某整个单位或结构的一系列粒子或更小的结构。组成某整个单位或结构的一系列粒子或更小的结构。
如许多酶产品，由若干个多肽亚基组成，这些亚基通过专一的结合，形成有催化能力的整体。
为数众多的如微管、鞭毛和纤毛等结构都是由一些亚基组成。亚基只有聚合成完整的四级结构，所形成的蛋白质才具有生物活性。
如血红蛋白就是有四个亚基构成，RNA聚合酶就是有五个亚基组成的（α2ββ‘δ）。亚基不同于酶复合体。
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